Der AJA arbeitet an verschiedenen Themen im Bereich Schüleraustausch in Form von Projekten oder Arbeitsgruppen. Diese werden in Zusammenarbeit und Kooperation mit den AJA-Mitgliedern, Institutionen und Partnern sowie mit wissenschaftlichen Einrichtungen durchgeführt.
Die Ergebnisse dieser Themenarbeit fließen stetig in die Arbeit der AJA-Organisationen ein und tragen somit dazu bei, die Qualität im und die Wirkung von Schüleraustausch nachhaltig zu verbessern, sowie die Bedeutung von langfristigem Schüleraustausch in der Öffentlichkeit und auf politischer Ebene zu verdeutlichen und zu verankern.