Die Geschäftsstelle des AJA in Berlin koordiniert seit ihrer Gründung 2004 die Zusammenarbeit ihrer acht Mitgliedsorganisationen und steht in engem Austausch mit Ministerien, Bundestagsabgeordneten und Partnerinstitutionen.
Darüber hinaus vertritt ein AJA-Sprecher bzw. eine AJA-Sprecherin, der bzw. die nach einem festgelegten Rotationsverfahren jährlich wechselt, die AJA-Mitgliedsorganisationen. Sprecherin im Jahr 2023 ist Annette Domhan von AFS Interkulturelle Begegnungen e.V., stellvertretender Sprecher ist Christian Langkafel, Geschäftsführer von Open Door International e.V.
Das AJA-Büro wurde 2004 von Rita Stegen, der ersten Repräsentantin des AJA aufgebaut. Ihr folgten im Jahr 2008 Klaus Kimmel, der im Jahr 2012 die Leitung des AJA an Dr. Uta Wildfeuer übergab. Seit dem 15. September 2017 bilden Dr. Uta Wildfeuer und Anna Wasielewski die Geschäftsführung der neu gegründeten AJA gGmbH.