AJA ist seit April 2017 Träger der Initiative Austausch macht Schule. Die Initiative setzt sich dafür ein, den Schüleraustausch im Bildungssystem nachhaltig zu verankern, jedem Schulkind einen internationalen Austausch während seiner Schullaufbahn zu ermöglichen sowie Module zum internationalen Schüler- und Jugendaustausch in der Lehreraus- und Weiterbildung zu integrieren.
Der Arbeitskreis gemeinnütziger Jugendaustausch (AJA) ist zusammen mit der Fach- und Förderstelle der internationalen Jugendarbeit (IJAB), des Pädagogischen Austauschdienstes (PAD) des Sekretariats der Kultusministerkonferenz (KMK) und den deutschen Jugendwerken Träger von Austausch macht Schule. Unterstütz wird die Initiative von Bundes- und Landesministerien und finanziert von der Robert Bosch Stiftung sowie der Stiftung Mercator.